De organisatie van het project Veessen-Wapenveld is in handen van een aantal partijen.

Provincie Gelderland
Met het ondertekenen van de bestuursovereenkomst tussen provincie en Rijk op 12 oktober 2007 is de provincie Gelderland initiatiefnemer geworden voor de planstudie van Veessen-Wapenveld. De provincie heeft als taak een advies over uitvoering van de maatregel voor te bereiden.

Gemeente Heerde
Het project Veessen-Wapenveld bestaat uit twee sporen: de hoogwatergeul en de bijbehorende gebiedsontwikkeling. De gemeente Heerde is verantwoordelijk voor de gebiedsontwikkeling.

Waterschap Veluwe
Als alle plannen gereed zijn en er een definitief besluit is genomen door demissionair minister Camiel Eurlings dan kan de aanleg van de hoogwatergeul beginnen. De uitvoering van de plannen is in handen van het Waterschap Veluwe. Op het moment dat de uitvoering start geeft de provincie Gelderland de rol als trekker van dit project over aan het Waterschap.

Dienst Landelijk Gebied
Dienst Landelijk Gebied (DLG) is een agentschap van het ministerie van Landbouw, Natuur en Visserij. DLG is het grondbedrijf van de overheid in het landelijke gebied. De dienst verwerft grond, richt grond in en adviseert over het beheer van gronden. DLG is in projecten verantwoordelijk voor het procesmanagement.