De financiële middelen die nodig zijn om de maatregelen van Ruimte voor de Rivier uit te voeren, worden beschikbaar gesteld door het Ministerie van Verkeer en Waterstaat. Het gaat om ruim 2 miljard euro (de totale raming bedraagt 2.220 miljoen euro). Om over dit geld te kunnen beschikken moet het programma Ruimte voor de Rivier voldoen aan twee voorwaarden: · het begrote bedrag mag niet overschreden worden · de veiligheidsdoelstelling moet gerealiseerd worden voor 2015.

Als bij uitvoering van de maatregelen frictie ontstaat tussen het veiligheidsdoel en het doel voor ruimtelijke kwaliteit, is de veiligheidsdoelstelling doorslaggevend.
Wanneer uitvoerende bestuursorganen overgaan tot aanvullende maatregelen, buiten de PKB-maatregelen, dan moeten zij zelf zorgen voor financiering hiervan. Dit valt niet onder het budget van het programma Ruimte voor de Rivier.