In deze fase gaat het om verschillende specifieke besluiten die nodig zijn om de maatregelen te realiseren, bijvoorbeeld vergunningen voor graaf- en bouwwerkzaamheden.
Op het ogenblik zijn al twee maatregelen in uitvoering: Zuiderklip en Hondsbroekse Pleij. Vanaf 2010 wordt er voor de andere maatregelen op tientallen locaties daadwerkelijk begonnen met de herinrichting van gebieden en landschappen.